Historia modernizacji toru wodnego Świnoujście-Szczecin rozpoczęła się w 1997 r., wówczas Bank Światowy zaoferował Polsce pożyczkę na sfinansowanie inwestycji związanych z poprawą dostępności do portów. W tym czasie Urząd Morski w Szczecinie zlecił wykonanie badań modelowych, których celem było sprawdzenie możliwości pogłębienia toru. Badania okazały się bardziej optymistyczne, niż początkowo zakładano, stwierdzono bowiem, że można go pogłębić nawet do 14,5 m, ale wówczas zaistniałaby konieczność budowy na cieśninach ujściowych Odry wrót sztormowych, co wiązało się z dodatkowymi kosztami. W tej sytuacji zdecydowano się na realizację koncepcji pogłębienia toru do głębokości technicznej 12,5 m.

W latach 2000-2004 dzięki funduszom z Banku Światowego zbudowano 2 falochrony przy przejściu z Kanału Piastowskiego na Zalew Szczeciński. W tym czasie została także zmodernizowana część Kanału Piastowskiego. Koszt inwestycji wyniósł ok. 163 mln zł. Powstały także umocnienia brzegowe, a kilka lat później dokonano modernizacji Falochronu Wschodniego (obecna nazwa Falochron Centralny) w Świnoujściu. Koszt prac finansowanych z unijnego Programu Infrastruktura i Środowisko wyniósł ok. 40 mln zł. Ważną i kosztowną, bo wartą aż 300 mln zł, inwestycją była przebudowa umocnień na Kanale Piastowskim oraz Kanale Mielińskim w Świnoujściu. W ramach tego projektu powstało nowe nabrzeże nr 91. Prace zakończyły się w 2015 r.

Kolejną niezwykle istotną dla bezpieczeństwa żeglugi inwestycją była budowa nowego systemu zarządzania ruchem statków. Funkcjonuje w nim 12 stacji radarowych, podczas gdy w starym systemie takich stacji było tylko 5. W Szczecinie i Świnoujściu powstały nowoczesne centra kontroli ruchu statków, zmodernizowano także system łączności. Wymieniono oznakowanie nawigacyjne na torze wodnym oraz na torach wodnych prowadzących do mniejszych portów. Obecnie znaki nawigacyjne są monitorowane. Pracownicy otrzymują natychmiastową, bardzo precyzyjną informację o każdej ewentualnej zmianie położenia któregokolwiek znaku nawigacyjnego, co pozwala na szybkie wprowadzenie korekty.

W 2016 r. kilkukilometrowy odcinek toru przy wejściu do portu w Świnoujściu został pogłębiony do 14,5 m. Wcześniej taką głębokość uzyskał tor prowadzący do terminalu LNG. Natomiast w maju 2017 r. w Urzędzie Morskim w Szczecinie otwarto oferty w przetargu na pogłębienie toru wodnego Szczecin-Świnoujście do głębokości technicznej 12,5 m. Zainteresowanych udziałem w projekcie było 5 firm i konsorcjów z Polski i zagranicy, których propozycje cenowe wahały się od 1,3 mld zł do ponad 1,7 mld zł. Ostatecznie, 28 września 2018 r., podpisano umowę z belgijsko-holenderskim konsorcjum firm: Dreging International i Van Oord Dredging Contractors and Marine Contractors, które zaoferowało za swoje prace ponad 1,33 mld zł brutto. Wykonawca zobowiązał się do realizacji robót w ciągu 42 miesięcy.

Bardzo istotnym problemem podczas prac przygotowawczych do inwestycji było znalezienie optymalnego sposobu zagospodarowania urobku pogłębiarskiego, który wydobyty zostanie z dna kanału, a będzie go aż 23 mln m3. Odłożenie tak wielkiej ilości urobku na brzegu, podobnie jak zatopienie w morzu, nie jest możliwe. W tej sytuacji jedynym wyjściem jest budowa na Zalewie Szczecińskim 2 sztucznych wysp. Będą to wyspy okrągłe, każda o średnicy przekraczającej 1 km. Prace trwają, a nieprzekraczalny termin ich zakończenia to listopad 2022 r.

Pogłębienie toru wodnego Świnoujście-Szczecin do głębokości technicznej 12,5 m ma otworzyć dostęp do szczecińskiego portu dla większych jednostek. Taka sytuacja pociągnie za sobą łańcuch efektów ekonomicznych i społecznych, istotnych nie tylko dla portu, ale także dla całego regionu zachodniopomorskiego. Po zakończeniu tego procesu do portu w Szczecinie będą mogły wchodzić wycieczkowce o długości do 220 m i zanurzeniu do 9 m, a także kontenerowce i masowce do 220 m długości i zanurzeniu do 11 m. Zmiana parametrów będzie znacząca, bowiem obecnie do portu w Szczecinie mogą zawijać jednostki o zanurzeniu nieprzekraczającym 9,15 m.

Pogłębienie toru wodnego do 12,5 m powoduje, że również w wybranych rejonach portu w Szczecinie taka głębokość musi być dostępna. W rejonie przeładunków drobnicowych pogłębiony zostanie Kanał Dębicki. W rejonie przeładunków masowych inwestycje portowe będą koncentrować się przede wszystkim w Basenie Kaszubskim. W Kanale Dębickim łączna wartość inwestycji wyniesie 359 mln zł. W ramach prac zmodernizowane zostaną nabrzeża Czeskie i Słowackie, które uzyskają głębokość techniczną 12,5 m (łącznie jest to ponad 1000 m nabrzeża). Cały Kanał Dębicki będzie poszerzony do 200 metrów. Na północ od nabrzeża Fińskiego powstanie nabrzeże Norweskie o głębokości technicznej 12,5 m.

Również w rejonie przeładunków masowych nabrzeża zostaną przystosowane do głębokości technicznej 12,5 m. Początkowo zakładano, że w tym rejonie znajdą się 3 nabrzeża, przy których będą mogły być obsługiwane statki o nośności 40 tys. t pod pełnym ładunkiem. Miały to być nabrzeża: Chorzowskie, Katowickie i Bytomskie. Po analizach zrezygnowano z modernizacji nabrzeża Bytomskiego, głównie ze względu na niewielkie zaplecze i utrudniony dostęp. Zdecydowano się na przedłużenie nabrzeża Katowickiego do 500 m. Zlikwidowane zostanie stanowisko przeładunku kwasu siarkowego przy nabrzeżu Zabrzańskim (Metraco), które będzie przeniesione na nabrzeże Dąbrowieckie. Przy wykorzystaniu urobku z pogłębienia kanałów, całkowicie zasypany zostanie Basen Notecki. Dzięki takiej operacji o ok. 2 ha zwiększy się zaplecze nabrzeża Górnośląskiego. Koszty inwestycji w tym rejonie portu wyniosą ok. 250 mln zł. W grudniu 2019 r. w Centrum Unijnych Projektów Transportowych podpisano 6 umów, z których 3 dotyczyły inwestycji realizowanych przez Zarząd Morskich Portów Szczecin i Świnoujście. Zadania inwestycyjne: „Poprawa dostępu do Portu w Szczecinie w rejonie Basenu Kaszubskiego”, „Poprawa dostępu do Portu w Szczecinie w rejonie Kanału Dębickiego” oraz „Rozbudowa i modernizacja infrastruktury technicznej w portach w Szczecinie i w Świnoujściu” stały się oficjalnie projektami unijnymi.

Pogłębienie toru wodnego Świnoujście-Szczecin do 12,5 m to ogromna szansa dla szczecińskiego portu, ale to także konieczność modernizacji portowej infrastruktury. Tylko wówczas statek, który dopłynie pogłębionym torem wodnym do portowych nabrzeży, zostanie sprawnie obsłużony, a koszt postoju w porcie znacząco się obniży. Pogłębienie toru i modernizacja portu tworzą komplementarną całość. To wielkie zmiany, na które szczeciński port i nasza gospodarka czekały wiele lat. Na szczęście, jak się okazuje, nie było to oczekiwanie daremne.