W lutym 2014 r. Komisja Europejska uznała, że gminy Gdynia i Kosakowo nieprawnie finansowały przekształcenie części tamtejszego wojskowego lotniska w cywilne i nakazała zwrot wydanych na ten cel 91,7 mln zł. W efekcie spółka powołana do zarządzania przyszłym portem lotniczym upadła, gdyż otrzymane od gmin pieniądze wydała i zwrócić nie miała z czego. Wprawdzie KE przyznała później, że suma do zwrotu powinna być o kilkanaście milionów mniejsza, niemniej uznała, że środki publiczne przekazane spółce pozwoliłyby jej uzyskać nienależną przewagę konkurencyjną nad pobliskim lotniskiem w Gdańsku-Rębiechowie, co stanowiłoby naruszenie unijnych zasad pomocy.

Interwencja KE nastąpiła w momencie, gdy inwestycja była już zaawansowana w 98%, i mimo tego że gdyński aeroport 9 lat wcześniej ujęto w rządowym programie rozwoju sieci lotnisk oraz w strategii transportowej województwa pomorskiego, jako wsparcie, a nie konkurencję dla Rębiechowa. Zignorowano też fakt, że lotnisko to, jako czynny obiekt wojskowy, było i nadal będzie utrzymywane ze środków publicznych, a wykorzystanie go do celów cywilnych pozwoliłoby te wydatki ograniczyć. Uznano jednak, że lepiej, żeby zainwestowane pieniądze się zmarnowały, niżby unijne zasady miały zostać naruszone.

A tymczasem ostatnio KE się odwidziało i zatwierdziła nowe przepisy dotyczące pomocy państwa dla lotnisk. Uznała, że państwa członkowskie będą mogły inwestować publiczne pieniądze w regionalne lotniska. „W odniesieniu do portów lotniczych państwa członkowskie mogą teraz dokonywać inwestycji publicznych w regionalne porty lotnicze obsługujące do 3 mln pasażerów rocznie, przy pełnej pewności prawa i bez wcześniejszej kontroli ze strony Komisji.” Co więcej, rozporządzenie pozwala organom publicznym nawet na pokrywanie kosztów operacyjnych portów lotniczych, obsługujących do 200 tys. pasażerów rocznie, gdyż „jest mało prawdopodobne, by zakłócały konkurencję na jednolitym rynku UE”. Ale na lotnisku pod Gdynią mleko się już rozlało.